Niedawne orzecznictwo NSA wskazuje na szereg negatywnych konsekwencji związanych z błędnym określeniem kwalifikowalności VAT. Dodatkowym problemem jest ogromna zmienność stanowisk organów podatkowych, które dotychczas dość liberalnie podchodziły do opodatkowania takich dofinansowań, obecnie jednak zmieniły stanowisko co do odliczania VAT związanego z inwestycjami np. wodno-kanalizacyjnymi, budową hal sportowych, basenów, sal gimnastycznych, modernizacją obiektów gminnych, targowisk, cmentarzy itp. Spory toczą się też na bazie obecnej wykładni przepisów prezentowanej przez Ministerstwo Finansów i niektóre sądy administracyjne – iż jedynym prawidłowym sposobem odliczania VAT w sektorze jest stosowanie prewspółczynnika.